De band ontstond in 1985 toen de bandleden nog op de middelbare
school zaten. De band is vernoemd naar een educatieve film voor
kinderen. Mr. Bungle bracht eind jaren tachtig vier demotapes uit en
kreeg daarna een contract aangeboden door Warner Bros. Records.
Daar brachten ze tussen 1991 en 1998 drie albums uit. De band toerde
tot en met 2000 om hun laatste album te promoten voordat ze in 2004
stopten. Ondanks hun contract bij een groot platenlabel is de groep
nooit doorgebroken en heeft de band slechts één videoclip uitgebracht.
Alhoewel er verschillende wijzigingen in de bezetting zijn geweest, zijn de vaste leden zanger Mike Patton (Faith No More, Fantômas, Tomahawk), gitarist Trey Spruance (Secret Chiefs 3), bassist Trevor Dunn (Fantômas) en drummer Danny Heifetz geweest.
Mr. Bungle staat bekend om zijn zeer diverse muziekstijl die
allerlei muziekgenres omvat. Veel nummers hebben ongewone ritmes en er
werd veelvuldig gebruikgemaakt van samples. Tijdens optredens waren de bandleden vaak verkleed en speelden ze ook regelmatig covers van zeer uiteenlopende artiesten.